Wykład 1 – prezentacja

Wprowadzenie do bioinformatyki. Sieciowe zasoby literatury biomedycznej. Projekty genomowe.


Wykład 2 - prezentacja

Instytuty bioinformatyczne i udostępnione narzędzia i zasoby. Bazy danych sekwencji i zasady korzystania z ich zasobów. Opis sekwencji.


Wykład 3 – prezentacja

Motywy. Podobieństwo. Dopasowanie sekwencji. Dot-plot. Programowanie dynamiczne. Obliczanie poziomu podobieństwa sekwencji. Tablice punktacji podobieństw.


Wykład 4 – prezentacja

Porównywanie sekwencji z bazami danych. Algorytmy FASTA i BLAST.


Wykład 5 – prezentacja

C.d. porównywania sekwencji. Projektowanie oligonukleotydów.


Ćwiczenie 1 i 2

(Zajęcia prowadzone przez dr hab. Grzegorza Bartoszewskiego)


Ćwiczenie 3

Korzystanie z bioinformatycznych baz danych - konspekt


Ćwiczenie 4

Porównywanie sekwencji - konspekt; chromatogram 3h7


Ćwiczenie 5

Zad1, Zad2, Zad3


FILOGENETYKA – dr hab. Marcin Filipecki

Wykład - prezentacja

Ćwiczenia z filogenetyki molekularnej - konspekt

Program BioEdit przygotowujący dopasowania wielu sekwencji do analizy drzew filogenetycznych w programie Phylip i do wielu innych analiz – do pobrania tutaj.

Program Phylip do analiz filogenetycznych do pobrania tutaj.

A tutaj podaję link do pobrania programu MEGA.

Poniżej linki do ściągania innych programów do analiz filogenetycznych omawianych na zajęciach (po ściągnięciu, aby wypakować skompresowany plik, kliknij nań prawym klawiszem myszy i wybierz opcję „wyodrębnij wszystkie”):

https://github.com/NBISweden/MrBayes/releases/download/v3.2.6/MrBayes-3.2.6_WIN32_x64.zip

 

https://github.com/rambaut/figtree/releases/download/v1.4.4/FigTree.v1.4.4.zip


ANALIZA PROMOTORÓW – dr hab. Marcin Filipecki

Wykład - prezentacja

Artykuł: Geisler M., Kleczkowski L.A., Karpinski S. (2006) A universal algorithm for genome-wide in silicio identification of biologically significant gene promoter putative cis-regulatory-elements; identification of new elements for reactive oxygen species and sucrose signaling in Arabidopsis . The Plant Journal 45: 384–398.


ANALIZA STRUKTURY BIAŁEK

Wykład - prezentacja

ANALIZA TRANSKRYPCJI GENU

 dr hab. Marcin Filipecki

Materiały do samodzielnej pracy


[Marcin Filipecki]